隐性基因（Recessive gene）是指这样的一种等位基因，只有该基因是纯合时，其决定的性状才会表达出来。在杂合的状态下， 生物体的表型显示显性基因决定的特征。

一般隐性基因用小写字母表示，而显性基因则用大写字母表示。所以，如果该基因显性纯合子表示为AA，则隐性纯合子表示为aa，杂合子表示为Aa。

中文名：隐性基因

外文名：recessive gene

意义：支配生物体隐性性状

遗传：隐性遗传

遗传规律：基因都是成对组合遗传的

相对基因：显性基因

在遗传学中，隐性基因是指当个体是纯合隐性时该基因决定的性状才能得以表达的基因 。如果是杂合子，则显示的是显性基因决定的表型。

根据孟德尔遗传规律，如果携带隐性基因的杂合个体与另一个携带同一隐性基因的杂合个体繁殖，那么产生纯合隐性后代的几率为25%。

隐性基因的例子如眼睛的蓝颜色，相对于眼睛的棕色它是隐性的；还有豌豆的皱纹表型，相当于无皱纹豌豆它也是隐性的 。

纯合子的基因要么是双显性要么是双隐性。如果用大写字母表示显性，小写字母表示隐性，那么AA组合的纯合子就是显性纯合子，而aa组合就是隐性纯合子，而一个大写和一个小写组合的Aa就是杂合子。杂合子表现出来的性状是显性基因决定的性状，这就是显性基因的“优先权”。

隐性遗传的典型例子是豌豆种子形状的遗传。豌豆可以是圆形光滑的（与等位基因R相关）又可以是皱皮的（与等位基因r相关）。存在三种等位基因组合，即基因型RR，Rr和rr。 RR（纯合子）个体是圆形光滑豌豆，而rr（纯合子）个体则是皱皮豌豆。在Rr（杂合子）个体中，R等位基因掩盖了r等位基因的存在，因此这些个体也是圆形光滑豌豆。因此，等位基因r对等位基因R是隐性的。