内孢霉目（Endomycetales）是子囊菌亚门的1目。包括许多能产生子囊孢子的酵母和一些类似酵母的真菌。

中文学名：内孢霉目

拉丁学名：Endomycetales

界：真菌界

亚门：子囊菌亚门

目：内孢霉目

分布区域：土壤、植物的花和果

克雷格尔-范·赖（1973）将本目下分4科，

浆霉科

有大量的菌丝体而没有大量分散的细胞。子囊内有许多孢子，子囊生于菌丝顶端或由配子囊上长出；

内孢霉科

有大量的菌丝体，也可以有芽孢子和节孢子，没有大量分散的细胞，菌丝间可以经过菌丝网结或是配囊融合等不同方式接合，通常每个子囊内有1～8个孢子；

酵母科

本目中最大，最重要的1科。没有或只有少量的菌丝体，主要靠分散细胞的芽殖进行繁殖，也有少数是通过裂殖进行繁殖的。两个同形或不同形的细胞之间进行接合，也可孤雌生殖形成子囊。每个子囊内一般有1～4个孢子，子囊孢子有各种形状，但一般不是针形或纺锤形；

蚀精霉科

子囊孢子针形或纺锤形。基本型有明显的世代交替可形成子囊，有些属的有性世代已退化。菌丝体多核或单核。常寄生在植物上。

无性繁殖

以出芽或裂殖方式形成节孢子，菌丝可有可无。

有性生殖

由两个具性细胞作用的细胞以同形或异形接合的方式形成子囊，子囊也可不经过接合而由单细胞孤雌生殖产生。

内孢霉目在自然界中广泛分布，腐生为主，少数寄生。常可从土壤中、植物的花和果上分离得到。

人类关系密切的酵母菌

有益菌种

常用于制作酶制剂（如辅酶A、辅酶I），生产菌体蛋白（如食用酵母、饲料酵母）以及工业发酵（如甾体转化、氨基酸发酵、食品酿造等）。

有害菌种

阿氏多囊霉是生产核黄素的菌种，棉病囊霉既是核黄素的生产菌，又是高等植物的致病菌，能危害棉花、柑橘、番茄、咖啡等的果实。